A 10 de Julho de 1979 a música, em particular a Norte Americana, sofria uma grande perda. O já octogenário Arthur Fiedler, responsável maior pela difusão da música clássica nos Estados Unidos, e habitualmente confundido com o fundador da Boston Pops, após as cinquenta épocas a dirigir a orquestra, falecia vitimado por um ataque cardíaco. Um sucessor era necessário para a direcção da orquestra, alguém que fosse capaz de ocupar o lugar deixado vago pelo desaparecimento de Fiedler, mantendo a grande tradição criada em grande parte pelo famoso maestro. Fiedler havia começado as transmissões radiofónicas e as gravações com a orquestra. O primeiro álbum a vender um milhão de cópias foi uma gravação de Fiedler e a Boston Pops, realizado nos anos 30. Nos anos 60 começou as gravações para a PBS "Evening at Pops", os célebres concertos televisionados. Tudo isto, juntamente com salas cheias no Symphony Hall, em Boston, tornou a figura de Fiedler mítica no seu próprio tempo.
Após o falecimento de Fiedler, a orquestra foi temporariamente dirigida por Harry Ellis Dikinson, assistente de Fiedler, enquanto era formado um Comité para o Futuro da Pops. No Outono de 1979, havia cinco candidatos para preencher o lugar de director musical: Harry Ellis Dikinson, o maestro da Cincinnati Pops Erich Kunzel, o director de bandas Mitch Miller, o maestro da Symphony of Flint, Michigan John Covelli e o compositor, pianista e maestro John Williams.

A 10 de Janeiro de 1980 a direcção da Boston Symphony anunciou o nome do novo director da Boston Pops Orchestra: "O sucesso extraordinário desse filme [Star Wars] é uma das razões porque ninguém acreditava que ele estivesse interessado em tomar a posição deixada vaga pela morte de Arthur Fiedler. Como aconteceu, Williams estava em Londres a gravar a banda sonora para The Empire Strikes Back quando aceitou o trabalho de maestro da Pops em 1980."⁽¹⁾ O compositor preferido de Hollywood assumia assim uma posição ocupada por poucos dos seus colegas dos estúdios cinematográficos. Alfred Newman foi maestro, mas dentro do sistema dos estúdios, Bernard Herrmann nunca conseguiu concretizar a carreira de director de orquestra que ambicionara, André Previn teve de abandonar totalmente Hollywood para seguir uma carreira como maestro. Williams foi o primeiro compositor/maestro de Hollywood a viver verdadeiramente uma vida dupla. 

O contracto que transformou Williams no 19º director musical da Boston Pops Orchestra era por dois anos, eventualmente renovável, e foi saudado com entusiasmo. Williams anunciou que "o legado de Fiedler ia ser cuidadosamente tratado", mas indicou também que seriam introduzidas várias novidades. "O nosso pais está a explodir  com jovens dotados. Nós devíamos tentar uma vez por semana, ou uma vez por mês, introduzir uma nova peça e comtemporizar o repertório o mais possível."⁽²⁾
Embora Williams tivesse aparecido em 1979 por duas vezes como maestro convidado da Boston Pops, e de dirigir orquestras nos estúdios por mais de vinte anos, ainda era alguém com pouca experiência a dirigir em público. André Previn desvalorizou as dúvidas sobre essa falta de prática: "A Pops tem sorte que John esteja disponível. Ele é um pianista de primeira, e ele conhece uma quantidade imensa de música. Além disso, ele conhece a orquestra do ponto de vista do homem com o lápis, e isso quer dizer, intimamente. Ele consegue fazer arranjos superlativos de material pop, e ele consegue montar, arranjar, manusear qualquer coisa que venha no arranjo de outra pessoa, torna-lo melhor, e tudo isso numa questão de minutos. Isso é muito raro entre directores de orquestra. Eu disse raro? Estou a ser simpático. É único. Ele também é um director de orquestra muito eficiente; os músicos da London Symphony Orchestra, que gravaram várias das suas partituras para cinema com ele, admiram-no muito. Ele sabe o que quer e sabe como o conseguir."⁽³⁾
Williasm dirigiu a Pops como seu director musical pela primeira vez no Carnegie Hall, em Nova York, a 22 de Janeiro de 1980. John Rockweel, do New York Times, escreveu que "as brilhantes e eficientes interpretações que ele tirou da orquestra sugerem que a Pops escolheu sabiamente."⁽⁴⁾
O concerto inaugural da época "Opening Night at Pops" no Symphony Hall em Boston, teve lugar a 20 de Abril, tendo como convidados o violinista Isaac Stern, o actor Burgess Meredith e o robot C-3PO, que dirigiu o tema de Star Wars, lançou a época de doze semanas de concertos, entre Maio e Julho, incluindo aparições no Tanglewood Music Festival, durante o mês de Agosto, e sete concertos de Natal.

Esta mudança de Hollywood para Boston provocou um menor número de composições para cinema, mas o compositor não ficou perturbado por isso. "O minha única motivação é musical. Manter a continuidade desta grande orquestra com esta tradição, e vitaliza-la tanto quanto puder, eu francamente fazia-o de graça."⁽⁵⁾ "Para um músico, ser-lhe pedido para ficar à frente deles (músicos da Boston Symphony), é a maior honra que se pode ter na profissão."⁽⁶⁾ Mas se a sua actividade com a Boston Pops  implicou menos tempo dedicado às produções de Hollywood, também lhe deu um fórum de divulgação de sua música e dos seus colegas no mínimo invulgar. A prova disso esta nas suas primeiras gravações com a orquestra. A primeira "Pops in Space" (1980) incluía excertos das suas partituras para Star Wars, Empire Strikes Back, Superman e Close Encounters of the Third Kind, tendo atingido o Top 20 de vendas; "We Wish You a Merry Christmas"(1980)  introduzia os cânticos de Natal de Alfred Burt, célebres em Los Angeles, e "Pops on the March"(1981) apresentava várias marchas compostas para cinema. No decorrer das suas gravações com a Boston Pops Orchestra, assim como nos seus concertos, continuou a ser frequente incluir excertos dos clássicos do cinema ao lado de clássicos da música. O facto de poder apresentar música para cinema ao vivo terá sido um dos factores que mais atraiu Williams para o posto, podendo assim legitimar o seu trabalho e o dos seus colegas: "A Pops pode ser um forum maravilhoso para pegar e re-examinar os melhores bocados (de música para cinema) que já foram feitos."⁽⁷⁾
Por outro lado, o compositor aproveitou o tempo que passava afastado de Hollywood para compor peças para concerto. Nos primeiros anos com a Boston Pops, e enquanto a sua fama crescia, muitas destas peças foram escritas para a orquestra. A primeira foi Jubilee Fanfare 350 (For the City of  Boston), para comemorar o 350º aniversário da cidade em 1980, Pops on the March (1981) em memória de Arthur Fiedler, Esplanade Overture (1982) e a canção patriótica, com letras de Alan e Marilyn Bergman, America, The Dream Goes On (1982).
O trabalho de Williams com a orquestra e o seu bem sucedido contracto discográfico levou a que em 1981, a Boston Symphony renova-se o seu contracto por mais dois anos.

Com a continuação das gravações, que atingiam posições nas tabelas de vendas que rivalizavam com os artistas Pop/Rock, e lotações esgotadas no Symphony Hall, foi anunciado com entusiasmo a 21 de Dezembro de 1982, que a Boston Symphony e John Williams tinham assinado um contracto válido por cinco anos e à partida renovável. Williams estava feliz por manter a sua posição, embora os seus préstimos continuassem a ser exigidos em Hollywood: "Eu acho que combinar a actividade de Hollywood com a Pops é confortável; uma parece  ser uma fonte de refresco para outra."⁽⁸⁾  

Durante a época seguinte Williams continua o seu trabalho com a orquestra, realizando novas gravações para a Philips Classics ("Out of this World", uma colecção de música para cinema) e encomendando novas obras e arranjos exclusivamente para orquestra. Esse é de facto um dos principais trabalhos de Williams com a orquestra: gerar uma nova 'livraria' de música, por compositores contemporâneos. O próprio Williams contribuiu com algumas peças, mas encomendou várias: "A Promenade Overture" de John Corigliano, para a primeira época de Williams com a Pops, e em 1982 "Ragomania" de William Bolcom.

Mas 1984 marca um ano turbulento na relação entre Williams e a orquestra. As coisas atingem uma gravidade tal, que Williams apresenta a sua demissão à direcção da Boston Symphony em 13 de Junho. "A minha demissão é o resultado daquilo que eu sinto serem diferenças criativas e artísticas entre mim e a orquestra"⁽⁹⁾. Já desde o tempo de Arthur Fidler havia problemas de moral (e indisciplina) dos músicos em relação às actividades da orquestra durante a época da Boston Pops. Mas a gota de água deu-se durante um ensaio de uma peça do compositor "America, The Dream Goes On", durante a qual alguns músicos tiveram um comportamento inapropriado. Williams, o calmo compositor e maestro abandonou o palco enfurecido. Pasquale Cardillo, clarinetista da orquestra em 1984, ofereceu a sua visão dos acontecimentos: "Ele nunca se zangou, ele nunca disse uma palavra brusca no palco a ninguém. Próximo do intervalo ele parou a orquestra porque havia conversa a decorrer. Havia falta de atenção. Era suposto as pessoas estarem a tocar. Eu sei que era barulhento. Ele disse duas coisas: Nós não tínhamos tocado bem a 'Raymonda Overture'. Ele estava aborrecido com isso. E ele também estava aborrecido  com 'Varsity Drag'. Ele continuou e discutiu o seu papel como director de orquestra". Mas o que levou a Williams abandonar o ensaio aconteceu após o intervalo, quando alguns membros da orquestra perturbaram a interpretação da peça de sua autoria: "Eu nunca ouvi, mas houve quem ouvisse." Cardillo disse compreender a atitude de Williams: "Ele é um homem - e isto tem de ser dito - extremamente sensível. Eu posso entender, mesmo que ele não tivesse intenções de sair, que um homem tão sensível pudesse muito bem dizer 'Isto é uma indignidade para mim, Adeus!'"⁽¹⁰⁾
No dia seguinte a Williams apresentar a demissão, a orquestra apresentou publicamente as suas desculpas, mas não demoveu o maestro de abandonar a orquestra. O seu abandono deixou a direcção numa situação embaraçosa: tinham que encontrar alguém para dirigir a orquestra para o seu centenário, em 1985, e o contracto discográfico com a Philips Classics implicava a presença de Williams. Aliás, foi Williams que trouxe a orquestra de novo para o mundo das gravações. Durante os últimos anos de Fiedler, a Boston Pops não conseguiu um contracto discográfico estável. Mas apesar disso, Williams nunca negou o diálogo, trabalhando com a direcção na resolução daquilo que ele considerou um problema de moral entre os membros da orquestra. O compositor nunca discutiu os acontecimentos de 13 de Junho, por considerar estar abaixo da dignidade dos envolvidos, e preocupou-se principalmente com o estado dos músicos. 
Williams acabou por regressar à orquestra, pela época seguinte, a 3 de Agosto, devendo ser renegociado o seu contracto no final de 1985. "[depois do centenário] todos  nós podemos avaliar a nossa situação. (...) A Pops é o ponto alto do meu ano musical, a parte pública da minha vida musical. Eu não quero que a Pops sejam tão bons como eram com Arthur Fiedler. Eu quero que sejam melhores, e toda a confiança do meu compromisso com a Pops é ver como eu posso dirigir melhor, como posso programar melhor e como podemos fazer melhor música juntos. (...) Eu espero que consigamos tornar a nossa vida musical melhor ao re-arranjar a carga de trabalho, para que todos nós estejamos mais frescos quando subimos para o palco."⁽¹¹⁾

Williams manteve-se com a orquestra e reafirmou o seu compromisso em melhorar a sua qualidade. Dedicou o seu tempo para melhorar o moral entre os músicos, e em grande parte a sua tempestuosa atitude contribuiu para a solução de alguns destes problemas. Williams sintetizou parte dos problemas que surgiram, e que no fundo, estavam na base do descontentamento da orquestra a Yann Merluzeou em 1993:

"Apenas horários dos ensaios, aspectos com o número de interpretações por semana, algumas coisas por causa das digressões. Assuntos de acordos laborais, quase se podia dizer assuntos de acordos sindicais.
"Eu posso te dar o exemplo mais dramático: Quando eu fui para Boston, a Boston Symphony (parte da Boston Pops Orchestra) tocava dez semanas de concertos da pops constantemente, todos os anos, e os músicos não estavam felizes com isso, o que é compreensível. Eles estavam a tocar cinco noites por semana, durante dez semanas. Isso é impossível de fazer mentalmente, tu não estás em casa cinco noites por semana durante dez semanas, e isso não é bom para pessoas com famílias. É verdade que Arthur Fiedler fez isso durante muitos anos e parecia funcionar com um sistema de trazer substitutos, mas isso não é bom. Porque por vezes tu não tens as mesmas pessoas que tocaram nos ensaios a tocar nas interpretações e por aí fora.
"O resultado disso tudo foi que agora a orquestra faz seis semanas destes concertos, cinco vezes por semana. Mas por causa de todo o contracto da orquestra, as quatro semanas em que eles não estão a trabalhar na Pops, algum tipo de emprego teve de ser encontrado algures na programação para substituir essas quatro semanas. Tu podes ver muito disto: uma ou duas semanas foram adicionadas a Tanglewood, outra semana em digressão por New York em Setembro. Isto aliviou a pressão sobre os horários; criou outras pressões com gravações para TV. Estes foram os tipos de assuntos que se discutiram nesse período."⁽¹²⁾

Outro problema que surgiu durante os anos 80 foi a distinção entre a Boston Pops Orchestra e a Boston Pops Esplanade Orchestra. Enquanto a primeira é constituída pelos membros da Boston Symphony, a segunda é constituída principalmente por músicos freelance que tocam em várias instituições e circunstâncias. Alguns dos seus músicos principais vem da Boston Pops, mas para o colectivo da orquestra a confusão entre as duas era preocupante. Os músicos sentiam que, uma vez que a Esplanade Orchestra não era uma orquestra profissional, que devia ser encarada de outra forma, muito embora as suas actividades financiassem a Boston Symphony e o seu principal concerto do ano seja o mediático e muito frequentado concerto de 4 de Julho.
"A Boston Pops é uma orquestra fabulosa, e, sem querer fazer juízos comparativos, a Esplanade Orchestra é fabulosa também. O que é importante acentuar é que a Boston Symphony é a instituição maior em tudo que fazemos. Nós angariamos dinheiro para ela, entretemos e aumentamos a sua audiência, nós expandimos o emprego dos seus músicos para que eles possam ter uma vida decente. Sob Arthur Fiedler, este processo tornou-se tão bem sucedido que a exigência excedeu a capacidade de resposta da BSO. Agora há uma grande exigência pelo país todo e por grandes partes do mundo, não só por concertos Pops, mas pela Boston Pops. Na organização ouve muitas conversas sobre até que ponto e que a Boston Symphony pode satisfazer essa exigência, ou até onde a quer satisfazer. (...) Eu não vejo nenhum conflito de interesses nesta situação, porque a Boston Symphony é  igualmente o benfeitor e o beneficiado."⁽¹³⁾
Daniel Gustin, manager da BSO acrescentou: "Há dois grupos de músicos que realizam esta actividade [os concertos da Pops] agora, e é a nossa preocupação tornar claro qual é qual. A nossa obrigação é primariamente com os músicos da BSO, e a suposição normal que se uma actividade especial surgir, nós vamos tentar integra-la no seu calendário. Se isso não for possível, nós vamos usar a outra orquestra."⁽¹⁴⁾
O problema da distinção entre as duas orquestras ainda se mantém, em parte, até hoje, mas os esforços de todos permitiram tornar mais claro qual a orquestra que se apresentava ao público, bem como suavizar a agenda profissional dos artistas de ambas as orquestras.

À parte das complicações internas, Williams levou a orquestra para as comemorações de 1985 com a alegria e boa disposição característica dos seus concertos. Para o concerto comemorativo, Williams encomendou várias novas peças, incluindo "An Orkney Wedding, With Sunrise" de Sir Peter Maxweel Davies, "Overture to a Pops Concert" de Henry Mancini e o Concerto para Tuba de Williams, dedicado ao tubista da orquestra, Chester Schmitz. Adições ao repertório da orquestra para o centenário foi a recentemente descoberta da Abertura 1712 de P. D. Q. Bach e medleys de canções de Judy Garland, excertos do musical "Wonderful Town" de Leonard Bernstein, um tríptico de David Rose e arranjos de várias canções de Jerome Kern (cujo centenário era também celebrado em 1985).
Outro dos trunfos foram os convidados que incluiram Yo-Yo Ma, Cleo Laine, James Galway, Katya e Marielle Labeque e Joan Baez. As festividades concluíram com uma muito bem sucedida digressão da Boston Pops Esplanade Orquestra pelo país, a primeira na carreira de Williams com a Pops.  

As composições de Williams foram sempre uma constante na orquestra. Não só através da que compunha expressamente para orquestra, mas também ao levar a orquestra para eventos musicais, como o centenário da Estátua da Liberdade, em 1986, em que o compositor estreou a sua Liberty Fanfare, a partir do navio S.S. France, ou "We're Lokin' Good!" para as Olimpíadas Especias, em 1987.
Outras obras compostas para a Pops, ou Boston Symphony incluem "A Hymn To New England" (1987), "To Lenny! To Lenny!" (1988, para as comemorações do 70º aniversário de Leonard Bernstein em Tanglewood), "Celebrate Discovery" (1990), "Fanfare for Prince Philip" (1992, para a visita do monarca a Boston) e "Sound The Bells!" (1993, para a digressão pelo Japão, como uma oferta de Casamento da Princesa Masako da parte da Boston Pops).

Uma das facetas mais visíveis para o público fora dos Estados Unidos do trabalho de Williams da Pops foram as gravações que realizou, primeiro para a Philips Classics, e a partir de 1989, com a Sony Classical. Alguns dos melhores álbuns incluem, para além dos já mencionados, "Pops Around The World: Digital Overtures" (1981), "Aisle Seat" (1982), "Out of this World" (1983), "Swing, swing, swing" (1984), "With a Song in My Heart" (1984, com Jessie Norman), "Pops in Love", "Peter and the Wolf" e "Bernstein By Boston" (todos de 1985), "By Request..." e "The Planets" (ambos de 1986), "Pops Britannia" (1988) e "Pops à la Russe" Em Dezembro de 1989, Williams assinou um novo contracto com a Sony Classical e dias depois gravou um novo álbum dedicado a sucessos da Broadway, intitulado "Music of the Night". Outras gravações incluíram "The Spielberg/Williams Collaboration" (1990), "The Green Album" (1992), "Joy to the World" (1992), Unfogettable (1993) e "Music for Stage and Screen" (1994).

Williams também encontrou tempo na sua pesada agenda, dividida entre Hollywood e Boston, para percorrer o país com a orquestra em várias digressões em 1985, 1989 e 1992 e em três pelo Japão, em 1987, 1990 e 1993.

No Natal de 1991, Williams anunciou a sua vontade de abandonar a direcção da orquestra no final do seu contracto, em Dezembro de 1993. Na mesma altura em que o compositor desceu do pódio da orquestra, foi nomeado maestro laureado da orquestra e assumiu o cargo de conselheiro artístico da Boston Symphony para auxiliar na procura de um novo director musical.Williams comentou, ao abandonar o seu cargo de director musical da Boston Pops:

"Eu quero continuar a dirigir a Boston Pops em certa parte. Nos últimos anos, eu tenho feito por vezes 50 ou 60 concertos por ano. Em primeiro lugar, eu gostaria de continuar a fazer algum trabalho com a orquestra. Eu certamente gostaria de continuar a compor para o cinema, mas eu também gostaria de tentar arranjar mais tempo para ler calmamente e compor fora do médium do cinema e arranjar algum tempo para estudar e produzir alguma música.
"Para te dar um exemplo... Eu acabei de completar um Concerto para Fagote para a New York Philharmonic e agora eu quero escrever um Concerto para Violoncelo para Yo-Yo Ma. Tu nunca sabes como é com estas coisas, talvez esteja pronto dentro de outro ano. 
"Estas são o tipo de actividades em que eu quero despender o meu tempo no futuro."⁽¹⁵⁾

Durante o ano de 1994, Williams continuou a dirigir a orquestra consistentemente, até que em 1995 passou definitivamente o testemunho ao jovem maestro e pianista Keith Lockhart.

Assim, como maestro laureado da orquestra, Williams continuou a  participar activamente nas diversas actividades da Boston Pops, dirigindo vários concertos todos os anos, no Symphony Hall e em Tanglewood. 
Depois de durante quinze épocas ter realizado cerca de três dezenas de gravações, Williams continuou a gravar com a orquestra, mas com menor frequência: "Não há muito tempo para gravar durante a época da Pops, e naturalmente a carreira discográfica de Keith Lockhart está primeiro. Ainda assim, eu quero continuar a gravar com a Pops por razões inteiramente egoístas. Durante os anos nós fizemos cerca de 30 cd's, e nós realmente aprendemos a faze-los; os nossos cd's da Sony realmente cantam. O Symphony Hall é um espaço maravilhoso para interpretações, mas é um local imperdoável para gravações. As gravações são maravilhosas por amplificar pequenas coisas, mas os nossos metais e percussão nos arranjos para a Pops tem que ser encolhidos! Quantas mais gravações nós fazemos, o melhor elas ficam."⁽¹⁶⁾
Williams gravou com a Pops "Swing!" (1994, com Nancy Wilson), "Williams on Williams: The Classic Spielberg Scores" (1995), "Summon the Heroes" (1996, o álbum oficial dos Jogos Olímpicos de Atlanta) e "Cinema Serenade 2: The Golden Age" (1999, com Itzahk Perlman) já depois de abandonar o cargo de director da orquestra.

Williams continua a cumprir as suas funções de Maestro Laureado da Pops e Artista em Residência em Tanglewood, dirigindo a orquestra e gravando alguns programas "Evening at Pops", e mantendo um papel cada vez mais activo no Tanglewood Music Center, ajudando a formar novos músicos, realizando vários seminários de composição. 
Desde 1993 que também é Maestro Convidado da Boston Symphony, dirigindo várias vezes por ano a orquestra.

"Eu sei que aquilo de que vou sentir falta são as pessoas, os meus amigos na orquestra, na direcção, na cidade -- e as pessoas com quem trabalhei estiveram mais perto do meu coração do que a fazer um trabalho; as pessoas tornaram-se parte da minha vida, e vão continuar a fazer parte da minha vida."⁽¹⁷⁾

(1) Richard Dyer in "Interview with John Williams", por Richard Dyer, The Boston Globe, 6 de Junho de 1997;
(2) Entrevista por Ernest Leogrand, New York Daily News, 18 de Janeiro, 1980;
(3) André Previn in "John Williams is new Pops Maestro", por Richard Dyer, The Boston Globe, 11 de Janeiro de 1980;
(4) John Rockweel in New York Times, Janeiro de 1980;
(5) Entrevista por Jack von Rhien, Chicago Tribune, 27 de Janeiro de 1980;
(6) John Williams in "John Williams is new Pops Maestro", por Richard Dyer, The Boston Globe, 11 de Janeiro de 1980;
(7) John Williams in "Q&A with John Williams", por Richard Dyer, The Boston Globe, 27 de Abril de 1980;
(8) John Williams in "Williams renews Pops Pact" por Richard Dyer, The Boston Globe, 21 de Dezembro de 1982;
(9) John Williams in "Williams to Resign as Pops conductor" por Margo Miller, The Boston Globe, 14 de Junho de 1984;
(10) Pasquale A. Cardillo in "We Didn't Drive Williams Away" por Richard H. Stewart, The Boston Globe, 8 de Julho de 1984;
(11) John Williams in "Sweet Music at the Pops", por Richard Dyer, The Boston Globe, 3 de Agosto de 1984;
(12) Entrevista por Yann Merluzeau, Soundtrack Magazine Vol. 12 nº 47, pág. 5, Setembro de 1993;
(13) John Williams in "Boston's Other Pops Orchestra", por Richard Dyer, The Boston Globe, 15 de Junho de 1986;
(14) Daniel Gustin in "Boston's Other Pops Orchestra", por Richard Dyer, The Boston Globe, 15 de Junho de 1986;
(15) Entrevista por Yann Merluzeau, Soundtrack Magazine Vol. 12 nº 47, pág. 4, Setembro de 1993;
(16) Entrevista por Richard Dyer;The Boston Globe, 6 de Junho de 1997;
(17) John Williams in "John Williams Final Bow", por Richard Dyer, The Boston Globe, 20 de Dezembro de 1993.